We have detected that your browser currently has JavaScript disabled. In order for CoGe to function properly JavaScript must be enabled in your browser.
Would you like to log out of all CyVerse applications?
Log out of CoGe only
Log out of all CyVerse services
CoGe
advanced
type:
any
experiment
feature
genome
notebook
organism
certified:
any
yes
no
feature type:
metadata key:
metadata value:
tag:
search
My Data
Tools
OrganismView
CoGeBlast
FeatView
SynFind
SynMap
SynMap3D
GEvo
Load Genome
LoadExp+
Taxonomy
Help
CoGePedia
Page Docs
Forums
FAQ
Tutorials
Cite CoGe
System Support
Log in
Organisms:
1
}
Amborella trichopoda (id36219)
Organism Information
Name:
Amborella trichopoda
Description:
Eukaryota
;
Viridiplantae
;
Streptophyta
;
Streptophytina
;
Embryophyta
;
Tracheophyta
;
Euphyllophyta
;
Spermatophyta
;
Magnoliophyta
;
basal Magnoliophyta
;
Amborellales
;
Amborellaceae
;
Amborella
;
Tools:
OrganismView
 | 
CodeOn
Search:
 
 
Genomes:
19
Amborella trichopoda (vV6.1, id50948): unmasked
Amborella trichopoda (vV6.1, id62288): unmasked
Amborella trichopoda (vV6.1, id62292): unmasked
Amborella trichopoda (vV6.1, id63835): unmasked
Amborella trichopoda (vV6.1, id67745): unmasked
Amborella trichopoda (vJGI V2.1 HAP1, id63666): unmasked
Amborella trichopoda (Amborella trichopoda) (vHPI v01, id62157): cds
Amborella trichopoda (v2, id19525): unmasked
Amborella trichopoda (08/2012: Amborella trichopoda): Annotation file: AmTr_v1.0_evm_run27_filter02.gff3 (v1.0.27, id19514): unmasked
Amborella trichopoda (08/2012: Amborella trichopoda): Annotation file: AmTr_v1.0_evm_run27_filter02.gff3 (v1.0.27, id19515): masked
Amborella trichopoda (05/2012: Amborella trichopoda) (v1.0.15, id16909): unmasked
Amborella trichopoda (05/2012: Amborella trichopoda) (v1.0.15, id16910): masked
Amborella trichopoda (01/2012: Amborella trichopoda): Amborella Genome Project Assembly 1.0 (v1, id16736): unmasked
Amborella trichopoda (01/2012: Amborella trichopoda) (v1, id35736): unmasked
Amborella trichopoda (01/2012: Amborella trichopoda) (v1, id35738): unmasked
Amborella trichopoda (01/2012: Amborella trichopoda Masked by CoGe): Masked Amborella Genome Assembly 1.0 (v1, id16737): NCBI WindowMasker (Hard)
Amborella trichopoda (01/2012: Amborella trichopoda Masked by Consortium) (v1, id16740): masked
Amborella trichopoda ((OLD) Ambroella trichopoda) (v0.06, id16739): unmasked
Amborella trichopoda ((OLD): Masked by CoGe) (v0.06, id16742): NCBI WindowMasker (Hard)
Genome Information
Genome ID:
50948
Sequence type:
unmasked: unmasked sequence data (gstid1)
Owner:
Jim Leebens-mack
Length:
737,028,307 bp
Tools:
GenomeInfo
 | 
OrganismView
 | 
CodeOn
 | 
SynMap
 | 
CoGeBlast
 | 
Add to GenomeList
Datasets:
5
AmTr_v6.frozen.gff(vMay2018, id127004)
Am_tri.pan.v1.gff(vPangenome V1, id137246)
AT_V6.1.annot.all.gff(vv6.1_Frozen, id127038)
AT_V6.1.annot.all.rename.gff(vv6.1.frozen.rename, id127389)
genome.faa(vV6.1, id127003)
Dataset Information
Name:
AmTr_v6.frozen.gff (id127004)
Source:
Adam Bewick (id4184)
Version:
May2018
Organism:
Amborella trichopoda
Created:
2018-05-07 20:10:58
Chromosomes:
0
Total length:
0 bp
Tools:
OrganismView
Chromosomes:
AT_V6_CHR01 (0 bp)
AT_V6_CHR02 (0 bp)
AT_V6_CHR03 (0 bp)
AT_V6_CHR04 (0 bp)
AT_V6_CHR05 (0 bp)
AT_V6_CHR06 (0 bp)
AT_V6_CHR07 (0 bp)
AT_V6_CHR08 (0 bp)
AT_V6_CHR09 (0 bp)
AT_V6_CHR10 (0 bp)
AT_V6_CHR11 (0 bp)
AT_V6_CHR12 (0 bp)
AT_V6_CHR13 (0 bp)
Contig20.A (0 bp)
Contig28.A (0 bp)
Contig38.B (0 bp)
Contig38.D (0 bp)
Contig52.A (0 bp)
Contig65.A (0 bp)
Contig80.A (0 bp)
Contig106.A (0 bp)
Contig144.A (0 bp)
Contig149.A (0 bp)
Contig165.A (0 bp)
Contig170.A (0 bp)
Contig182.A (0 bp)
Contig186.A (0 bp)
Contig202.A (0 bp)
Contig206.A (0 bp)
Contig211.B (0 bp)
Contig220.A (0 bp)
Contig244.A (0 bp)
Contig249.A (0 bp)
Contig274.A (0 bp)
Contig287.A (0 bp)
Contig289.A (0 bp)
Contig296.A (0 bp)
Contig297.B (0 bp)
Contig300.A (0 bp)
Contig305.A (0 bp)
Contig308.A (0 bp)
Contig332.A (0 bp)
Contig336.A (0 bp)
Contig340.A (0 bp)
Contig341.A (0 bp)
Contig355.A (0 bp)
Contig377.A (0 bp)
Contig399.A (0 bp)
Contig405.A (0 bp)
Contig431.A (0 bp)
Contig432.A (0 bp)
Contig462.A (0 bp)
Contig473.A (0 bp)
Contig484.A (0 bp)
Contig491.A (0 bp)
Contig493.A (0 bp)
Contig507.A (0 bp)
Contig511.A (0 bp)
Contig525.A (0 bp)
Contig529.A (0 bp)
Contig534.A (0 bp)
Contig548.A (0 bp)
Contig552.A (0 bp)
Contig563.A (0 bp)
Contig567.A (0 bp)
Contig584.A (0 bp)
Contig585.A (0 bp)
Contig593.A (0 bp)
Contig603.A (0 bp)
Contig608.A (0 bp)
Contig613.A (0 bp)
Contig626.A (0 bp)
Contig629.A (0 bp)
Contig632.A (0 bp)
Contig638.A (0 bp)
Contig642.A (0 bp)
Contig643.A (0 bp)
Contig655.A (0 bp)
Contig656.A (0 bp)
Contig659.A (0 bp)
Contig676.A (0 bp)
Contig680.A (0 bp)
Contig684.A (0 bp)
Contig702.A (0 bp)
Contig704.A (0 bp)
Contig709.A (0 bp)
Contig713.A (0 bp)
Contig731.A (0 bp)
Contig744.A (0 bp)
Contig748.A (0 bp)
Contig754.A (0 bp)
Contig769.A (0 bp)
Contig775.A (0 bp)
Contig784.A (0 bp)
Contig789.A (0 bp)
Contig794.A (0 bp)
Contig797.A (0 bp)
Contig798.A (0 bp)
Contig817.A (0 bp)
Contig818.A (0 bp)
Contig832.A (0 bp)
Contig855.A (0 bp)
Contig856.A (0 bp)
Contig891.A (0 bp)
Contig903.A (0 bp)
Contig918.A (0 bp)
Contig919.A (0 bp)
Contig924.A (0 bp)
Contig931.A (0 bp)
Contig936.A (0 bp)
Contig941.A (0 bp)
Contig945.A (0 bp)
Contig955.A (0 bp)
Contig959.A (0 bp)
Contig968.A (0 bp)
Contig972.A (0 bp)
Contig973.A (0 bp)
Contig986.A (0 bp)
Contig995.A (0 bp)
Contig1005.A (0 bp)
Contig1008.A (0 bp)
Contig1064.A (0 bp)
Contig1067.A (0 bp)
Contig1070.A (0 bp)
Contig1075.A (0 bp)
Contig1081.A (0 bp)
Contig1087.A (0 bp)
Contig1094.A (0 bp)
Contig1102.A (0 bp)
Contig1104.A (0 bp)
Contig1120.A (0 bp)
Contig1123.A (0 bp)
Contig1127.A (0 bp)
Contig1138.A (0 bp)
Contig1162.A (0 bp)
Contig1179.A (0 bp)
Contig1187.A (0 bp)
Contig1200.A (0 bp)
Contig1203.A (0 bp)
Contig1210.A (0 bp)
Contig1221.A (0 bp)
Contig1225.A (0 bp)
Contig1229.A (0 bp)
Contig1232.A (0 bp)
Contig1235.A (0 bp)
Contig1280.A (0 bp)
Contig1281.A (0 bp)
Contig1283.A (0 bp)
Contig1288.A (0 bp)
Contig1308.A (0 bp)
Contig1318.A (0 bp)
Contig1322.A (0 bp)
Contig1324.A (0 bp)
Contig1333.A (0 bp)
Contig1337.A (0 bp)
Contig1347.A (0 bp)
Contig1359.A (0 bp)
Contig1384.A (0 bp)
Contig1388.A (0 bp)
Contig1393.A (0 bp)
Contig1395.A (0 bp)
Contig1405.A (0 bp)
Contig1408.A (0 bp)
Contig1422.A (0 bp)
Contig1425.A (0 bp)
Contig1434.A (0 bp)
Contig1439.A (0 bp)
Contig1445.A (0 bp)
Contig1446.A (0 bp)
Contig1456.A (0 bp)
Contig1460.A (0 bp)
Contig1470.A (0 bp)
Contig1472.A (0 bp)
Contig1475.A (0 bp)
Contig1477.A (0 bp)
Contig1491.A (0 bp)
Contig1507.A (0 bp)
Contig1512.A (0 bp)
Contig1513.A (0 bp)
Contig1546.A (0 bp)
Contig1547.A (0 bp)
Contig1561.A (0 bp)
Contig1566.A (0 bp)
Contig1572.A (0 bp)
Contig1590.A (0 bp)
Contig1606.A (0 bp)
Contig1612.A (0 bp)
Contig1643.A (0 bp)
Contig1651.A (0 bp)
Contig1656.A (0 bp)
Contig1669.A (0 bp)
Contig1688.A (0 bp)
Contig1694.A (0 bp)
Contig1702.A (0 bp)
Contig1707.A (0 bp)
Contig1709.A (0 bp)
Contig1713.A (0 bp)
Contig1718.A (0 bp)
Contig1748.A (0 bp)
Contig1751.A (0 bp)
Contig1792.A (0 bp)
Contig1799.A (0 bp)
Contig1806.A (0 bp)
Contig1830.A (0 bp)
Contig1847.A (0 bp)
Contig1855.A (0 bp)
Contig1857.A (0 bp)
Contig1869.A (0 bp)
Contig1870.A (0 bp)
Contig1878.A (0 bp)
Contig1906.A (0 bp)
Contig1915.A (0 bp)
Contig1916.A (0 bp)
Contig1924.A (0 bp)
Contig1955.A (0 bp)
Contig1964.A (0 bp)
Contig1965.A (0 bp)
Contig1971.A (0 bp)
Contig1972.A (0 bp)
Contig1976.A (0 bp)
Contig1980.A (0 bp)
Contig2026.A (0 bp)
Contig2030.A (0 bp)
Contig2037.A (0 bp)
Contig2052.A (0 bp)
Contig2060.A (0 bp)
Contig2064.A (0 bp)
Contig2109.A (0 bp)
Contig2126.A (0 bp)
Contig2127.A (0 bp)
Contig2133.A (0 bp)
Contig2145.A (0 bp)
Contig2159.A (0 bp)
Contig2160.A (0 bp)
Contig2164.A (0 bp)
Contig2169.A (0 bp)
Contig2184.A (0 bp)
Contig2199.A (0 bp)
Contig2203.A (0 bp)
Contig2220.A (0 bp)
Contig2222.A (0 bp)
Contig2228.A (0 bp)
Contig2249.A (0 bp)
Contig2290.A (0 bp)
Contig2291.A (0 bp)
Contig2336.A (0 bp)
Contig2343.A (0 bp)
Contig2353.A (0 bp)
Contig2369.A (0 bp)
Contig2411.A (0 bp)
Contig2415.A (0 bp)
Contig2420.A (0 bp)
Contig2429.A (0 bp)
Contig2451.A (0 bp)
Contig2479.A (0 bp)
Contig2490.A (0 bp)
Contig2493.A (0 bp)
Contig2505.A (0 bp)
Contig2506.A (0 bp)
Contig2522.A (0 bp)
Contig2526.A (0 bp)
Contig2531.A (0 bp)
Contig2536.A (0 bp)
Contig2542.A (0 bp)
Contig2547.A (0 bp)
Contig2566.A (0 bp)
Contig2571.A (0 bp)
Contig2581.A (0 bp)
Contig2585.A (0 bp)
Contig2597.A (0 bp)
Contig2614.A (0 bp)
Contig2623.A (0 bp)
Contig2629.A (0 bp)
Contig2658.A (0 bp)
Contig2663.A (0 bp)
Contig2664.A (0 bp)
Contig2693.A (0 bp)
Contig2698.A (0 bp)
Contig2699.A (0 bp)
Contig2777.A (0 bp)
Contig2799.A (0 bp)
Contig2834.A (0 bp)
Contig2835.A (0 bp)
Contig2841.A (0 bp)
Contig2844.A (0 bp)
Contig2877.A (0 bp)
Contig2905.A (0 bp)
Contig2913.A (0 bp)
Contig2923.A (0 bp)
Contig2963.A (0 bp)
Contig2965.A (0 bp)
Contig2982.A (0 bp)
Contig2984.A (0 bp)
Contig2985.A (0 bp)
Contig3036.A (0 bp)
Contig3039.A (0 bp)
Contig3077.A (0 bp)
Contig3089.A (0 bp)
Contig3105.A (0 bp)
Contig3140.A (0 bp)
Contig3182.A (0 bp)
Contig3209.A (0 bp)
Contig3210.A (0 bp)
Contig3226.A (0 bp)
Contig3249.A (0 bp)
Contig3266.A (0 bp)
Contig3281.A (0 bp)
Contig3284.A (0 bp)
Contig3292.A (0 bp)
Contig3332.A (0 bp)
Contig3337.A (0 bp)
Contig3347.A (0 bp)
Contig3358.A (0 bp)
Contig3367.A (0 bp)
Contig3381.A (0 bp)
Contig3382.A (0 bp)
Contig3394.A (0 bp)
Contig3421.A (0 bp)
Contig3466.A (0 bp)
Contig3467.A (0 bp)
Contig3469.A (0 bp)
Contig3479.A (0 bp)
Contig3494.A (0 bp)
Contig3516.A (0 bp)
Contig3528.A (0 bp)
Contig3539.A (0 bp)
Contig3542.A (0 bp)
Contig3561.A (0 bp)
Contig3564.A (0 bp)
Contig3576.A (0 bp)
Contig3578.A (0 bp)
Contig3582.A (0 bp)
Contig3585.A (0 bp)
Contig3594.A (0 bp)
Contig3597.A (0 bp)
Contig3610.A (0 bp)
Contig3614.A (0 bp)
Contig3669.A (0 bp)
Contig3685.A (0 bp)
Contig3695.A (0 bp)
Contig3726.A (0 bp)
Contig3733.A (0 bp)
Contig3748.A (0 bp)
Contig3749.A (0 bp)
Contig3753.A (0 bp)
Contig3776.A (0 bp)
Contig3798.A (0 bp)
Contig3817.A (0 bp)
Contig3852.A (0 bp)
Contig3875.A (0 bp)
Contig3885.A (0 bp)
Contig3893.A (0 bp)
Contig3942.A (0 bp)
Contig3960.A (0 bp)
Contig3961.A (0 bp)
Contig3986.A (0 bp)
Contig3992.A (0 bp)
Contig3995.A (0 bp)
Contig4005.A (0 bp)
Contig4007.A (0 bp)
Contig4029.A (0 bp)
Contig4034.A (0 bp)
Contig4103.A (0 bp)
Contig4113.A (0 bp)
Contig4134.A (0 bp)
Contig4231.A (0 bp)
Contig4232.A (0 bp)
Contig4253.A (0 bp)
Contig4256.A (0 bp)
Contig4277.A (0 bp)
Contig4284.A (0 bp)
Contig4304.A (0 bp)
Contig4311.A (0 bp)
Contig4326.A (0 bp)
Contig4380.A (0 bp)
Contig4393.A (0 bp)
Contig4442.A (0 bp)
Contig4454.A (0 bp)
Contig4457.A (0 bp)
Contig4469.A (0 bp)
Contig4471.A (0 bp)
Contig4486.A (0 bp)
Contig4495.A (0 bp)
Contig4512.A (0 bp)
Contig4524.A (0 bp)
Contig4548.A (0 bp)
Contig4558.A (0 bp)
Contig4564.A (0 bp)
Contig4581.A (0 bp)
Contig4592.A (0 bp)
Contig4596.A (0 bp)
Contig4597.A (0 bp)
Contig4598.A (0 bp)
Contig4650.A (0 bp)
Contig4693.A (0 bp)
Contig4696.A (0 bp)
Contig4698.A (0 bp)
Contig4707.A (0 bp)
Contig4724.A (0 bp)
Contig4735.A (0 bp)
Contig4741.A (0 bp)
Contig4761.A (0 bp)
Contig4777.A (0 bp)
Contig4804.A (0 bp)
Contig4846.A (0 bp)
Contig4849.A (0 bp)
Contig4866.A (0 bp)
Contig4868.A (0 bp)
Contig4885.A (0 bp)
Contig4892.A (0 bp)
Contig4901.A (0 bp)
Contig4912.A (0 bp)
Contig4917.A (0 bp)
Contig4941.A (0 bp)
Contig4954.A (0 bp)
Contig4956.A (0 bp)
Contig4962.A (0 bp)
Contig4979.A (0 bp)
Contig5092.A (0 bp)
Contig5128.A (0 bp)
Contig5137.A (0 bp)
Chromosome Information
Chromosome ID:
AT_V6_CHR01
Nucleotides:
61,401,633 bp
Launch Genome Viewer
Start:
Get Sequence
Start:
End:
Genomes:
0
Remove
Clear
Sort
No Genome Selected
Send to GenomeList
Do not generate features for ncRNA genes (CDS genes only)
Include feature annotations (descriptive text; Geneontology; etc)
Ensure that GFF Name tag is unique for each feature
Do not propagate duplicate annotations to children
For GFF "ID" and "Parent" tags, use unique:
Name
Number
Export GFF File